收缴天下兵器，迁徙富豪，不过是一般性的措施，嬴政的真正目的是追求权力的独断。如今，天下已经成为他个人所有，而将这种独断延续下去，必须有组织上的保证。故而，采用什么样的行政体制才能进行有效的统治，这是嬴政面临的一个重大问题。
为此，嬴政召开了高层会议。
丞相王绾的意见是：
诸侯刚刚被打败，旧有的诸侯国地处偏远，如果不设诸侯王，将无法镇抚。故此，封立诸皇子为王为上策。
从表面看，王绾的建议分封皇子到各地镇守江山，从历史经验来看不失为一条有效的措施。但是，嬴政还是举棋不定，决定发挥人多力量大的优势，让群臣公开讨论，讨论的结果是大多数人都支持王绾的建议。
只有新任廷尉的李斯独树一帜，力排众议，李斯的意见是：
周朝曾分封许多同姓子弟为王，然而随着时间的推移，后代关系越来越疏远，并且彼此之间残杀不断，周天子也没法禁止。如今海内一统，如果设置郡县，对皇子和功臣只进行赏赐，今后控制起来容易得多。这样，四海之内无人敢起异心，采用分封制才是安邦之策。
李斯的分析十分有道理，在秦统一中国之前，有文献记载的夏商周三个朝代，虽然也有一个代表中央政府的所谓天子，但仅仅是一种象征，从来没有一个朝代的天子真正实现过实际的统一。绝大多数情况下，天子之下的诸候国只是向天子称臣纳贡而已。如果有诸候国不按时称臣纳贡，天子有力量则可以出兵讨伐，若无力量则只有听之任之了。诸候国内的各项事务，包括政治、军事、法令等，都由诸候国自已说了算，甚至连文字都是诸候国有自已的一套。其情形有点类似于今天的联合国。各国都觉得联合有用时就找联合国，把它当老大；没用的时候，或者说联合国有可能妨碍本国利益的时候就抛开联合国自行其事。
听完李斯的意见，嬴政立刻表态：
天下人长期以来苦于战乱，根源就是天下存在独立的侯王。现在战乱结束，天下刚刚统一，却又要分王封侯，到处立国，这无疑是制造新的战乱，在这种情况下想求天下太平，岂不太困难了吗？应该采用廷尉李斯的建议。
于是在秦帝国全境开始推行郡县制。最初分天下为36郡，以后迭有增设，计四十余郡。并在全国范围内建立了一套有利于中央集权和皇帝专制的行政机构。这就是历史上有名的郡县制。
下面我们看一下郡县制的构成及如何组织运作的。
中央行政组织实行三公九卿制：朝廷以皇帝为首，下设三公九卿。
一、三公。
丞相：丞相是朝廷的最高行政长官，主要职责是帮助皇帝处理政务，总理百官。他可以主持朝议，任免中低级官吏，是除皇帝外最大的实权人物。
御史大夫：御史大夫是朝廷最高监察长官。由于丞相的权力太大，为了防止丞相擅权，故设立御史大夫负责监督丞相和百官。皇帝的诏令由御史大夫转交丞相执行。
太尉：太尉是国家最高军事长官。由于军权的特殊性，太尉本身没有权力控制军队，只有在得到皇帝的令符后，才可以调动军队。除非在非常时期，否则嬴政不会将军权下放，这是保护皇权的一种措施。
二、九卿。
奉常：相当于祭祀部长。封建社会特有的官职，掌管国家的宗庙礼仪，负责封建迷信思想的传播和推广，以此来控制人民的思想。
郎中令：相当于宫廷禁卫官司令。负责统领宫中的侍卫，保护皇帝的安全。
卫尉：相当于皇城保安司令。负责掌管宫门的兵力配备和消除宫中的各种安全事故，对皇室成员住宿提供安全保障。
太仆：相当于交通部长。负责皇帝的车驾及出行等。
廷尉：相当于司法部长。统领全国的司法机构，专门负责大案要案。
典客：相当于外交部长。负责涉外交往活动，主要解决民族纠纷以及与潘邦蛮夷和平共处等事宜。
宗正：相当于皇族事务部长。负责维护皇室成员的利益以及为他们的生活提供保障。
治粟内史：相当于粮食总监。主管全国的经济，负责国家的税收和财政开支等。
少府：相当于宫廷供应部长。负责掌管山海湖泊税账、宫廷手工业和皇室私财，伺候皇帝消费娱乐。
关于地方行政机构的构成如下：
最高一级权力机构是郡，全国共分为36郡，由地方最高行政长官郡守总管全郡政务。郡尉掌管军务，主要负责征兵、缉拿罪犯等工作。监御史是皇帝下派的监察人员，负责监察地方官员的政务。
郡下设立县。万户以上的地区设立县令，万户以下的设立县长，是一县的最高长官。其下设有县丞和县尉，县丞负责县内司法，县尉负责县内军务。
县下设乡。乡有啬夫主管乡务，三老主管教化，激徼主管治安。
乡下的交通要道设亭，亭长负责邮递和追捕盗贼工作。
亭下设里，十里为一亭。里是秦帝国的最基层组织，相当于现在的居民委。
秦始皇设置的这套行政制度，起到了层层控制、权力向上集中的作用。从朝廷到地方，从郡县到乡里，构成了一张宠大的统治网。使分散的地方权力逐渐向上集中，最后集中到朝廷，再通过朝廷集中于皇帝手中。这套行政制度，对国家统一、中央集权和君主专制都起了重大作用。
嬴政设立了真正的中央集权的政治机构。在皇帝之下设立宰相，宰相之下设立九卿。同时政治、军事、监察三权分立，互不统摄。政府跟军事不结合，可以有效避免皇帝被架空，权力被剥夺。监察机关就是皇帝的耳目，是特务机关。
这样的政府组织，却在不经意间为后来的中国历代王朝奠定了一个规范，以至于以后的几百个帝王都只能在这个小圈子里面修修补补，而没有人有能力做出巨大的改变，除了制度倒退以外。
自秦始皇之后，中国实际意义上已经终止了以家族血统为主要内容的分封制度，取而代之的是代表中央政府进行治理地方的各级官员，这种制度的施行，彻底终结了在先秦时代存在已久的分邦裂土为诸候国的形式。虽然秦之后的多个朝代也曾出现过分封诸王的例子，但它在性质上远不是先秦时期的诸候封国。秦以后的分封诸王，基本上是一种爵位制度，即使有就藩之地，却是有国无兵，有位无权。藩国的绝大部分权力集中在中央政府任命的官员那里，藩王是无权过问的。这样就在很大程度上保证了中央政府的政令畅通，实现了对地方的有效控制。
而实行郡县制最大的一个文明成果是彻底废止了所谓的世袭贵族制，使贵族的产生有了新的、比较公平合理的方式。比如，汉高祖刘邦和明太祖朱元璋都是出身寒微的贫民阶层，但经过他们的努力奋斗，登上了皇位，他们的家族也就成功地成为了新贵族。但在秦之前，由于实行分封制度，贵族是继承的，出身贵族之家就永远是贵族，出身贫民之家就永远是贫民。但在实行郡县制以后，这种世袭就不存在了，只要干得好、有机会，就照样成为新的贵族。这是一种巨大的政治进步，只少在中国历史上，郡县制的实行首次终结了落后的奴隶制形式，为中国社会进步做出了开拓性的贡献。
嬴政之所以能够制服臣下，靠的就是权势。要巩固独裁的地位，必然要集权专制，在权力上压倒群臣。但是仅制服臣下是远远不够的，君主设官分职以任臣下，主要目的是统治广大民众，因此，君主在集权的同时又不得不适当的分权。
一个政权，建立一种什么行政制度，首先考虑国家的管理控制能力，必须实行有效控制，否则无论分封还是郡县都是一回事。分封最容易产生的问题就是诸侯尾大不掉；而郡县也会产生藩镇割据。
在加强对地方和官员的控制方面，秦始皇也是煞费心机，想尽办法。那么，秦始皇是如何具体操作的呢？
集权和分权的矛盾，是君臣之间的矛盾，或者说是领导和下属之间的矛盾。那么嬴政是如何解决这一矛盾的呢？
嬴政首先考虑的是如何建立起有利于集权的权力格局，然后在此基础上进行适当的分权。权势独操，决事独断，是最有利于集权专制的，在这两个前提下，君主根据平衡和牵制的原则进行分权，将国家的政权划分为多种权力，如司法权、行政权、军权、财权、立法权及监督权等，君主独掌立法权，把其他权力不同的机关和合适的臣下行使。
如此一来，各个机关皆有专职，官吏皆有专事。职不越官，官不兼事，君主通过立法权来控制其他权力，使各种权利之间保持平衡。任何人即使掌握其中一种权力，也不能对君主产生太大的威胁。