到了晚上陈得才率领三万士卒悄悄向昆明城摸去，当距离昆明城不远后，陈得才便派出副将陈虎率领一万士卒偷袭昆明城，副将陈虎得到命令后便率领一万士卒向昆明城杀去。
就在将要杀到昆明城下的时候，也不知道是不是陈虎做了伤天害理的事情，快要到昆明城下却被一名清军士卒给发现了，陈得才为了避免麾下士卒造成不必要的伤亡，便命令陈虎率军撤退。
陈虎只好心不甘情不愿率领麾下士卒灰溜溜的回去，之后又过了半个时辰，陈得才派出一万士卒进行骚扰，却不对昆明城发动进攻，周奉得知城外太平军对其骚扰不断，于是便把城中守军分为三批，一批看两三个时辰，从而保证守城士卒的睡眠。
乐清在白天看到太平军被清军击退后，便知道太平军想要拿下昆明城需要时间将会很长，于是乐清便让杨素率领本部兵马攻打云南属于清军的县城，杨素于是便率领本部兵马离开昆明城攻打其余各地，至于明腾和郑源则在军营中训练麾下士卒，等到时机来临的时候，出兵攻打昆明城。
时间很快便过去了十天，在这十天时间里太平军白天攻打昆明城夜晚骚扰清军士卒，太平军士卒利用各种手段来动摇清军士卒军心，经过这十天的努力终于起到了一定效果。
第十一天夜晚，太平军士卒在半夜三更的时候，悄悄的集结起来，之后杨秀清便率领近八万太平军向昆明城杀去。在距离昆明城不远处杨秀清便示意众士卒停下，之后杨秀清便命令萧朝贵率领五千士卒悄悄的拿下城门。
萧朝贵于是从本部兵马中抽调五千名精兵，之后便悄悄向昆明城下摸去，杨秀清一脸紧张的看着萧朝贵，心中默默祈祷清军士卒不要发现，也不知道是不是杨秀清的祈祷被老天爷给听到了，萧朝贵率领五千士卒很快便摸到城墙下。
萧朝贵命令麾下士卒攀登城墙，太平军士卒于是纷纷从身上取下钩索，之后齐刷刷向城墙上扔去。当钩索缠住后太平军士卒双手抓着钩索嘴上咬着钢刀向城墙上爬去。
当太平军士卒爬到一半的时候，一名清军士卒听到攀登城墙的声音，不由伸出头去看，便看到众多太平军士卒抓着钩索向城墙上爬来。清军士卒有些不敢相信，他没有想到这些长毛竟然会半夜三更偷袭，清军士卒在震惊过后很快便反应过来尖着嗓子喊道：“敌袭！敌袭！”
城墙上清军士卒很快便反应过来，手持兵器开始准备守城，杨秀清没有想要就要快登上城墙的时候，却被清军士卒给发现了，实在是让人感到异常郁闷，杨秀清怒声说道：“陈得才你率领本部兵马攻城。”
陈得才听到命令后，于是率领麾下士卒向着昆明城杀去，杨秀清又让萧朝贵副将萧敬率领萧朝贵本部兵马攻打西面城墙。
萧朝贵看到被清军士卒发现后不由大声喊道：“弟兄们给我杀呀！”说着奋力向城墙上杀去，太平军士卒听到后不由加快了速度，萧朝贵抓着钩索很快便登上城墙，右手抓住刀柄然后向清军士卒杀去。
清军士卒在措不及防之下被萧朝贵一刀给砍翻在地，其余清军士卒看到后不由大喊一声，然后手持钢刀向萧朝贵杀去。萧朝贵看到后并没有上前跟清军士卒厮杀，而是手持钢刀转换成守势。
清军士卒还没扔多少巨石滚木，越来越多的太平军士卒杀上了城墙，清军士卒只好跟太平军厮杀了起来。杨秀清在看到萧朝贵率领五千士卒登上城墙后，心中郁闷终于慢慢从心中排了出来，杨秀清抽出腰间钢刀大声说道：“全军冲锋！”
蹲守在城外的其余太平军士卒，在听到将军命令后手持兵器向昆明城杀去。这时候周奉率领近万士卒迅速登上城墙，然后手持长枪向已经登上城墙的太平军士卒杀去，双方很快便战成一团。
萧朝贵挥刀砍翻挡在面前的清军士卒，于是亲自率领数百太平军士卒向着城墙下奔去，周奉一枪挑飞面前的太平军士卒，看到数百太平军向城墙下奔去面色大变，周奉慌忙命令副将张志安率领本部兵马拦住那数百太平军。
张志安于是率领本部兵马迅速向城墙下奔去，张志安率领本部兵马很快便下了城墙，然后挡住萧朝贵前进的道路，萧朝贵看着前方出现的清军士卒大声喊道：“给我杀！”说完便挥舞着钢刀向清军士卒杀去，太平军士卒带着一往无前气势向着清军士卒啥情况。
萧朝贵挥舞着钢刀一头扎进清军阵中，紧接着身后的士卒也冲进清军阵中，双方士卒顿时厮杀在一起，萧朝贵挥舞着钢刀直接杀向张志安。张志安看到萧朝贵挥舞着钢刀向其杀来，手持大斧向萧朝贵劈去。
只听砰的一声，两人兵器碰撞在一起，瞬间碰撞出火花，两人同时抬腿向对方踢去，砰的一声两人手持兵器迅速倒退数步，张志安大喊一声挥舞着大斧再次向萧朝贵杀去。
乐清率领明腾和郑源两师兵马出现在距离昆明城不远处乐清看着激烈厮杀的双方，对身后明腾郑源两人说道：“你们二人立刻率领麾下兵马在太平军背后埋伏，当太平军攻入昆明城后，立刻从背后进攻太平军，一定要把清军和太平军都给我消灭。”
明腾郑源两人听到后齐声说道：“遵命。”然后便纷纷转身返回各自部队，之后迅速率军向太平军背后扑去。
清军由于充斥着大量民夫，根本就无法抵挡住太平军的进攻，不到半个时辰越来越多的太平军杀上城墙，也就在这时候萧朝贵在付出两道斧伤后，终于把一刀张志安头颅砍了下来，围堵萧朝贵的清军士卒在张志安阵亡后在抵抗一会后，便被太平军士卒给杀的四散而逃。
萧朝贵看到清军士卒四散而逃后，忍着疼痛命令士卒打开城门，太平军士卒迅速来到城门口，然后把门栓给拿掉，之后用力把城门给打开，在城外的太平军士卒在看到城门打开后，一窝蜂涌入昆明城。
周奉看到太平军士卒拿下城门，城外太平军不断冲入城中，面色变得苍白无力，就在周奉感到异常绝望的时候，突然看到太平军背后出现众多汉军士卒，紧接着还不等周奉想明白这是为什麽时候，汉军士卒纷纷扣动扳机射击。
太平军士卒在毫无防备情况下，被汉军士卒给射杀不少，杨秀清在听到背后传来开枪声音后，面色大变慌忙转头向后边看去，便看到自己麾下士卒一边倒被汉军屠杀，杨秀清看到感到异常后悔，如果自己不让监视汉军的黄文金率军撤回来，汉军怎么可能从背后攻击。
杨秀清知道现在不是后悔的时候，于是面色阴沉看着黄文金说道：“黄文金你立刻率领麾下兵马挡住汉军进攻，务必坚持到我军把昆明城彻底拿下。”
黄文金听到后大声回答道：“是！”说完便转身调集人马，然后向突然出现的汉军杀去。
杨秀清在看到黄文金率军离去后，对身边众将沉声说道：“命令所有士卒务必在一个时辰内解决城中的清军。”
众将听到后齐声答道：“遵命。”之后便纷纷下令士卒猛攻清军。
周奉虽然想不通汉军为什么突然进攻太平军，但是他知道这是他率军离开的机会，于是便派出一员战将率领近万士卒断后，然后率领数千精兵迅速向城中总督府奔去。
当周奉赶到总督府的时候，发现总督府出现了十数名太平军士卒，周奉看到后立马率军杀了过去，不到数分钟十数名太平军士卒便被清军士卒斩杀了。
就在周奉把太平军士卒全部斩杀后，紧闭的总督大门便被打开了，只见姜忠在数十名士卒护送下急匆匆走了出来，姜忠来到周奉面前神色惶恐说道：“周奉快快护送我出城。”
周奉听到后点点头，之后迅速让士卒牵来一辆马车，然后等到姜忠上了马车后，便率军护着马车向城外急匆匆奔去。
明腾看到一支太平军挡住去路后，不由冷哼一声沉声说道：“徐进式射击！把挡住我们前进道路的一律给我杀无赦。”汉军火枪手听到命令后迅速调整队形，很快队形便变换为徐进式队形，之后端着火枪向挡住前进道路的太平军杀去。
当汉军火枪手距离太平军士卒不到三百米的时候，第一排的汉军士卒纷纷扣动扳机射击，冲在最前面的太平军士卒在汉军士卒扣动扳机的时候应声倒了下来。
黄文金看到不断有士卒被汉军射杀，立刻指挥麾下士卒以散开队形向汉军冲去，不过即使是散开队形，依然有不少士卒被汉军射杀，谁让汉军火枪手排的那么密集。
太平军在被汉军射杀上千名依旧没能碰到汉军，太平军士卒终于承受不住了，纷纷向后方退去，汉军士卒趁势追击，太平军被汉军追的四散而逃。黄文金看此只好在亲卫护卫下狼狈逃去，汉军士卒并没有追击逃散的太平军士卒，而是继续向昆明城杀去。
杨秀清看到汉军击溃黄文金所部后变得异常气愤，杨秀清看到汉军距离城池越来越近，思索良久只好命令大军撤出昆明城，刚刚把清军士卒给驱赶的太平军士卒，只好向清军一样狼狈不堪的离开昆明城。
乐清在看到太平军退出昆明城后，立马派出明腾所部进行追击，汉军在太平军屁股后面一路追赶，跟着杨秀清的太平军士卒越来越少，杨秀清看此知道不能在被汉军追击，而要想逃脱汉军追击的话，那么只能离开云南省。
杨秀清思索良久最终决定向四川方向撤去，于是杨秀清率领不到三万士卒向四川追去，汉军在追了十数天后，便看着杨秀清率军离开云南去往四川了，而此时云南全境被汉军给占领了，境内的反抗清军的义军不是向汉军投降就是被迫逃往别处。