时京师收复之后，宫寺焚烧，园陵毁废，故车驾久而未还。乃以徽为大明宫留守、京畿安抚制置、修奉园陵等使。徽方治财赋，又兼制置，王畿之人，大半流丧，乃招合遗散，抚之如子。数年之间，版户稍葺，东内斋阁，缮完有序。徽拜表请车驾还京，曰：“昨者狂寇将逃，延灾方甚。而端门凤畤，镇福地而独存；王气龙盘，郁祥烟而不散。足表宗祧降祉，临御非遥。今虽初议修崇，未全壮丽，式示卑宫之俭，更凝驭道之尊。且肃宗才见捷书，便离岐下；德宗虽当盛暑，不驻汉中。故事具存，昌期难缓，愿回銮辂，早复京师。臣谬以散材，叨膺重寄，闭阁深念，拜章累陈。审时事之安危，系庙谋之得失。臣虽随宜制置，竭力抚绥，如或銮驾未回，必恐人心复散。纵成微效，终负殊私。势有必然，理宜过虑。以兹淹驻，转失机宜。实希永挂宸聪，亟还清跸。”帝深嘉纳，进位检校司空、御史大夫，权知京兆尹事。
中外权臣，遣人治第京师。因其乱后，多侵犯居人，百姓告诉相继。徽不避权豪，平之以法。由是残民安业，而权幸侧目恶其强。乃以其党薛杞为少尹，知府事。杞方居父丧，徽执奏不令入府。权臣愈怒，奏罢徽使务，以本官征赴行在。
寻授太子少师，移疾退居蒲州。满十旬，请罢。僖宗还宫，复授太子少师，疾，未任朝谒。宰相以徽怨望，奏贬集州刺史，徽乃舆疾赴贬所。不旬日，沙陁逼京师，僖宗出幸宝鸡，而军容田令孜得咎。天子以徽无罪，召拜吏部尚书，封琅邪郡侯，食邑千户。徽将赴行在，而襄王僣伪。邠、岐兵士，追逼乘舆。天子幸汉中，徽不能进。李襜伪制至河中府，召徽赴阙。徽托以风疾，不能步履。襜将僣号，逼内外臣僚署誓状。徽称臂缓，不能秉笔，竟不署名。
朱玫既诛，天子自褒中还，至凤翔，召徽拜御史大夫。车驾还宫，徽上章，以足膝风痹，不任朝拜，乞除散秩，复授太子少师。及便殿中谢，昭宗顾瞻进对，曰：“王徽神气尚强，安可自便？”乃改授吏部尚书。大乱之后，铨选失绪，吏为奸蠹，有重叠补拟者。徽从初注授，便置手历，一一检视，人无拥滞，内外称之。进位检校司空，守尚书右仆射。大顺元年十二月卒，赠太尉，谥曰贞。
子三人：椿、樗、松。