余庆再为相，罢免皆非大过，尤以清俭为时所称。洎中外践更，郁为耆德，朝廷得失，言成准的。时京兆尹元义方、户部侍郎判度支卢坦，皆以勋官前任至三品，据令合立门戟，各请戟立于其第。时义方以加上柱国、坦以前任宣州观察使请戟。近代立戟者，率有银青阶，而义方只据勋官，有司不详覆而给之，议者非之，台司将劾而未果。会余庆自东都来，发论大以为不可。由是，台司移牒诘礼部，左司郎中陆则、礼部员外崔备皆罚俸，夺元、卢之门戟。
余庆受诏撰《惠昭太子哀册》，其辞甚工。有医工崔环，自淮南小将为黄州司马。敕至南省，余庆执之封还，以为诸道散将无故授正员五品官，是开侥幸之路，且无阙可供。言或过理，由是稍忤时权，改太子少傅，兼判太常卿事。初德宗自山南还宫，关辅有怀光、吐蕃之虞，都下惊忧，遂诏太常集乐去大鼓。至是，余庆始奏复用大鼓。
九年，拜检校右仆射，兼兴元尹，充山南西道节度观察使，三岁受代。
十二年，除太子少师。寻以年及悬车，请致仕，诏不许。时累有恩赦叙阶，及天子亲谒郊庙，行事官等皆得以恩授三品五品，不复计考，其使府宾吏，又以军功借赐命服而后入拜者十八九。由是，在朝衣绿者甚少，郎官谏官有被紫垂金者。又丞郎中谢洎郎官出使，多赐章服，以示加恩。于是宠章尤滥，当时不以服章为贵，遂诏余庆详格令，立制条，奏以闻。
十三年，拜尚书左仆射。自兵兴以来，处左右端揆之位者多非其人，及余庆以名臣居之，人情美洽。宪宗以余庆谙练典章，朝廷礼乐制度有乖故事，专委余庆参酌施行，遂用为详定使。余庆复奏刑部侍郎韩愈、礼部侍郎李程为副使，左司郎中崔郾、吏部郎中陈珮、刑部员外郎杨嗣复、礼部员外郎庾敬休，并充详定判官。朝廷仪制、吉凶五礼，咸有损益焉。改凤翔尹、凤翔陇节度使。