时太庙为贼所毁，真卿奏曰：“春秋时，新宫灾，鲁成公三日哭。今太庙既为盗毁，请筑坛于野，皇帝东向哭，然后遣使。”竟不能从。军国之事，知无不言。
为宰相所忌，出为同州刺史，转蒲州刺史。为御史唐旻所构，贬饶州刺史。旋拜升州刺史、浙江西道节度使，征为刑部尚书。李辅国矫诏迁玄宗居西宫，真卿乃首率百僚上表请问起居，辅国恶之，奏贬蓬州长史。
代宗嗣位，拜利州刺史，迁户部侍郎，除荆南节度使，未行而罢，除尚书左丞。车驾自陕将还，真卿请皇帝先谒五陵、九庙而后还宫。宰相元载谓真卿曰：
“公所见虽美，其如不合事宜何？”真卿怒，前曰：“用舍在相公耳，言者何罪？
然朝廷之事，岂堪相公再破除耶！”载深衔之。旋改检校刑部尚书知省事，累进封鲁郡公。时元载引用私党，惧朝臣论奏其短，乃请：百官凡欲论事，皆先白长官，长官白宰相，然后上闻。真卿上疏曰：